Namun begitu, semasa pengembaraan mereka, Nabi Khidir a.s telah melakukan 3 perkara berikut :
- Memecahkan kapal nelayan miskin
- Membunuh seorg budak
- Mendirikan tembok di sebuah kampung tanpa meminta upah sedangkan mereka memerlukan makanan untuk bekalan
“Adapun perahu itu adalah kepunyaan orang-orang miskin yang bekerja di laut, dan aku bertujuan merusakkan perahu itu, kerana di hadapan mereka ada seorang raja yang akan merampas setiap perahu.” (Q:18:79)
Alasan untuk perbuatan no.2:
“Dan adapun anak itu, kedua orang tuanya adalah mukmin, dan kami khawatir kalau dia akan memaksa kedua orang tuanya itu kepada kesesatan dan kekafiran. (Q:18:80)
Dan kami menghendaki, supaya Tuhan mereka menggantikan dengan anak lain yang lebih baik kesuciannya daripada anaknya itu dan lebih dalam kasih sayangnya (kepada ibu bapanya)”.(Q:18:81)
Alasan untuk perbuatan no.3;
“Adapun dinding rumah itu adalah kepunyaan dua orang anak yatim di kota itu, dan di bawahnya tersimpan harta bagi mereka berdua, sedang ayahnya adalah seorang yang saleh, maka Tuhanmu menghendaki agar keduanya sampai dewasa dan mengeluarkan simpanannya itu sebagai rahmat dari Tuhanmu; dan apa yang kuperbuat itu bukan menurut kemahuanku sendiri. Itulah keterangan perbuatan-perbuatan yang kamu tidak sabar terhadapnya".(Q:18:82
Selain itu, terdapat banyak lagi ibrah dan pengajaran lain yang boleh diambil dari kisah tersebut antaranya ialah :
- Allah s.w.t mahu mengajar Nabi Musa a.s yang mengaku dirinya paling berilmu di atas bumi. Sepatutnya beliau mengatakan Allah itulah yang Maha Mengetahui tentang segala-galanya. Allah s.w.t menyatakan kepadanya bahawa di sana ada seorang hamba Allah yang tidak dikenali Nabi Musa a.s dengan memperolehi ilmu dari Allah yang tidak diketahui oleh Nabi Musa a.s. Inilah punca pertemuan di antara Nabi Musa a.s dengan Nabi Khidir a.s.
- Setelah bertemu, Nabi Musa a.s diberitahu oleh Nabi Khidir a.s bahawa ilmu kedua-dua mereka tidak mempunya sebarang erti dibandingkan dengan ilmu Allah, dan ilmu-ilmu mereka tidak sedikitpun mengurangkan ilmu Allah sama seperti air laut yang tidak kurang sedikitpun keran diminum burung.
- Tindakan-tindakan Nabi Khidir a.s adalah hasil wahyu sebenar dari Allah s.w.t , bukan cuma khayalan atau ilham. Ini ialah kerana pembunuhan ke atas seseorang tidak boleh dilakukan sewenang-wenangnya kerana sangkaan buruk. Sebab itulah Nabi Khidir a.s berkata: '' Apa yang telah aku lakukan itu bukan kehendakku sendiri .'' Ini berertu beliau hanyalah menjalankan perintah Allah yang sebenar dan wahyunya qat'i .